دانشکده علوم پايه، فعاليت رسمي خود را از سال 1369 با هدف تربيت نيروهاي متعهد و متخصص در گروه رياضي برابر مجوز وزارت علوم تحقيقات و فناوري آغاز نموده و با تشکيل گروه زيست شناسي در سال 1372 و گروه فيزيک در سال 1379 فعاليت خود را در مقطع کارشناسي گسترش داد. بعلاوه از سال 1385 با پذيرش دانشجو در رشته رياضي کاربردي و علوم جانوري گرايش فيزيولوژي در مقطع کارشناسي ارشد و در سال 1387 با پذيرش دانشجو در رشته ميکروبيولوژي در مقطع دکتری فعاليت خود را افزايش داد.
اين دانشکده تاکنون 22 دوره دانشجو از طريق سازمان سنجش و آموزش کشور پذيرفته و 17 دوره فارغ التحصيل داشته است.