کتابخانه مرکزی و مرکز منابع علمی دانشگاه شاهد، در سال 1369 در ساختمانی واقع در خیابان شهدای ژاندارمری تهران تأسیس شد. در سال 1382 و همزمان با انتقال برخی از دانشکده‌هاي اين دانشگاه به محل جدید واقع در پردیس دانشگاه شاهد (طرح جامع), مجموعه جدید کتابخانه مرکزی، مشتمل بر مجموعه منابع کتابخانه مرکزی, کتابخانه دانشکده علوم انسانی و کتابخانه دانشکده علوم پایه، به مكان فعلي انتقال يافت. هم اکنون این کتابخانه و کتابخانه‌های وابسته آن (دانشکده ها، بیمارستان ها و خوابگاه ها) با هدف ارائه هر چه بهتر خدمات به کاربران، در بخش‌های مختلف مشغول فعالیت هستند.